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La Associació de Criadors i Propietaris de Cavalls de Raça Menorquina es la responsable del desarrollo del Programa de Mejora Genética específica para esta raza.

El objetivo principal de este programa de Conservación y Selección es conseguir los mejores animales con una conformación, dentro de lo establecido en el patrón de la raza, adecuada a sus actitudes funcionales y con una cualidades temperamentales (nobleza e inteligencia) que facilitan el manejo en la doma y les permite destacar en las distintas disciplinas para las cuales han sido seleccionados, manteniendo en todo momento la variabilidad genética y minimizando el nivel de consanguinidad y parentesco de la población. Por eso la asociación de criadores desarrolla anualmente una serie de controles. La información obtenida después de la evaluación genética de los ejemplares se plasma en los catálogos de reproductores oficiales, para que los ganaderos puedan utilizarlos en el diseño de sus apareamientos.